在生物体内有一类酶，它们能将外来的DNA切断，即能够限制异源DNA的侵入并使之失去活力，但对自己的DNA却无损害作用，这样可以保护细胞原有的遗传信息。由于这种切割作用是在DNA分子内部进行的，故名
默克限制性内切酶。
默克限制性内切酶类型：
根据限制酶的结构，辅因子的需求切位与作用方式，可将限制酶分为三种类型，分别是一型（TypeI）、第二型（TypeⅡ）及第三型（TypeⅢ）。
一型限制酶
同时具有修饰（modification）及识别切割（restriction）的作用；另有识别（recognize）DNA上特定碱基序列的能力，通常其切割位（cleavagesite）距离识别位（recognitionsite）可达数千个碱基之远。例如：EcoB、EcoK。
第二型限制酶
只具有识别切割的作用，修饰作用由其他酶进行。所识别的位置多为短的回文序列（palindromesequence）；所剪切的碱基序列通常即为所识别的序列。是遗传工程上，实用性较高的限制酶种类。例如：EcoRI、HindⅢ。
第三型限制酶
与一型默克限制性内切酶类似，同时具有修饰及识别切割的作用。可识别短的不对称序列，切割位与识别序列约距24—26个碱基对。例如：HinfⅢ。
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